Очень запоздало могу предложить топорное и математическое решение: дабы не нагружать базу излишними типами и дополнениями, пишите в базу прям координаты и считайте их.
Например сделайте таблицу «пространство» в которой ид точки и 2я колонка — массив ее координат.
Например для «пространство3»
1 {1,2,6}
2 {5,0,8}
…
ну а расстояние считать математикой через ф-цию)
