Есть вариант вытащить id пользователя через его username, чтобы пользователю не приходилось указывать id при регистрации. Когда пользователь отправляет первое сообщение в бот, например команду "/start" в переменной message есть поля: message.from_user.username и message.from_user.id. Поиском по базе данных можно найти нужный username и соотнести его с айдишником.