www.oszone.net/10752/move_Windows7_boot_files
В статье описана процедура переноса файлов для загрузочного раздела для отключения второго диска, на котором существует активный загрузочный раздел.
По моему, практически ваш случай.
Одно но: если действовать по этой статье, файлы, необходимые для загрузки, будут храниться не на отдельном разделе, а в скрытой папке c:\boot\
