Установленные вещи обычно заново не устанавливаются. Но если факт установки не проверяется (или игнорируется), то все зависит от скрипта установщика.
Установщик:
(если не отключено) проверяет зависимости и доустанавливает то, что нет
(всегда) раскладывает файлы пакета по тем местам, где им назначено лежать
(если предусмотрено) бэкапит старые конфиги
(если предусмотрено) устанавливает новые конфиги, при этом старые может затереть
(всегда) обновляет информацию в БД с данными об установленных программах
