Для выявления такой гадости использую следующую команду
find /path/where/find/ -type f -name '*.php' | xargs egrep '^<\?php\s{100,}.*$' 2>/dev/null | cut -d: -f1
где s{100,} -- 100 и более пробелов
Для чистки данного "счастья", если файлов много:
find /path/where/find/ -type f -name '*.php' |xargs perl -pi -e's/^<\?php\s{100,}.*$/<\?php/' 2>/dev/null
Но все равно, это временное решение, нужно искать причину их появления. Но пока особых успехов в данном вопросе к сожалению нет. Если у кого есть какие либо идеи -- просьба поделится.