Не совсем вас понял. Вроде как кнопки делают холд на время обработки сами.
Но если нет, в теории в message находится свойство
id вы можете глобально(через базу или ещё как) думаю хорошая работа для redis или sqlite in memory держать те
id что находятся в обработке и высвобождать их, только после завершения отправки ответа как следствие условие на входе обработчика.
if message_id not in processing_ids:
...
Upd
Ах да для полноты картины так же желательно проверять юзера поле
from_user вроде.