Посмотрите, насколько тяжела эта задача сама по себе без крона и что она делает. Может там есть какой-то лок ресурсов, базы и т.д.
Само по себе поднятие пхп, парсинг и выполнение скрипта штука довольно ресурсоёмкая. Если это нужно делать каждую минуту, может стоит написать демона со sleep.
