В конфигурации Бухгалтерия предприятия 3.0 есть отчет активности пользователей. Там есть и общее время работы.
Администрирование / Поддержка и обслуживание / Отчеты администратора / Анализ активности пользователей.
Но если пользователь просто закрыл RDP и не завершил сессию, то 1С продолжает работать и крутить счетчик.