Иван

А каким способом вы собираетесь считывать карту, при входе в систему?
Обычно для этих целей используют токены.

Для этого есть политика сложности и периодичности смены пароля.

Ставить iAD)))
А вообще посмотреть логи на КД, учетку компьютерную в AD, видимо что то происходит с secure channel, не обновляется пароль компьютерной учетной записи...

Папка winsxs в директории windows присутствует?

Не пробовали поработать с утилитой Esentutl? https://technet.microsoft.com/en-us/library/hh8755...
Для начала конечно снять бэкап с сервера...

А в свойствах релея вкладка аутентификации правильно настроена?

Это SID учетной записи или группы, а вот сама запись удалена из аккаунтов.

Предлагаю в настройках TCP/IP dns сервера указать IP только этого DNS, в настройках DNS настроить Forwarding например на 8.8.8.8 (интернет будет прекрасно работать), на контроллере в настройках TCP/IP указать IP своего DNS.
P.S. Ваш DNS сервер открыт для всех в интернете? Попробуйте пингануть Ваш сервер по полному имени, можно с него же, во что резолвится в данный момент?
Всё это похоже на коллизию имен DNS - www.npsod.ru/blog/market_news/7315.html, https://www.icann.org/resources/pages/name-collisi...
icannwiki.com/.office

Можно сделать шаблон пользователя с заполненными полями, и новых просто копировать с него.

Так а сейчас то что в качестве интернет шлюза?