Попробуйте отредактировать файл:
/etc/xdg/lxsession/Lubuntu/autostart
и добавьте запись вида:
@command
Вот пример запуска команды rdesktop при старте:
@rdesktop server
Немного ссылок:
http://www.raspberrypi.org/phpBB3/viewtopic.php?f=27&t=11256
http://superuser.com/questions/146457/how-do-i-add-startup-applications-in-lubuntu-lxde 
