Из плагинов знаю только Git: https://packagecontrol.io/packages/Git
Ctrl+Shift+P → install package → git

Сам git я только начал изучать, подключаю bitbucket / github / anygit вот так (из шелла):
git init
git remote add origin /

А дальше уже из самого Sublime Text работать:
Ctrl+Shift+P → Git: add current file
Ctrl+Shift+P → Git: commit
Ctrl+Shift+P → Git: push
Ctrl+Shift+P → Git: quickcommit

Возможно, есть другие способы, но мне они пока неизвестны.

virtualenv -p C:\Python27\python.exe envname
Насколько помню, указать нужно полный путь до бинарника.
А вообще странно, У меня и в Windows и в Linux работает Flask на Python 3.4.