Для коханы, наверное, нет такого, чтоб "выжимка" и все в одном месте, нужно искать по инету. На brotkin.ru посмотрите, там есть статьи с заголовками "Знаете ли вы?" именно по нюансам работы - несколько частей.
Как вариант найти несколько готовых CMS подсмотреть. Там так чтоб особо нормальных - нет, но взять оттуда можно достаточно.
На гите найти типа "skeleton-simple-start-my-app" и посмотреть как строят архитектуру для старта проекта. Например
вот или
вот
Я не работал с Yii2, но думаю, туда смотреть нужно. Там в фреймворке считаю, больше или будет больше всего, чем у коханы по разным модулям разбросано всем вместе взятым, еще и разные версии, и пилить нужно обычно, в общем этим занимаются разрозненные люди (для себя есть постоянные проверенные модули), а в yii этим занимаются разработчики фреймворка. В Kohana 3.3 например до сих пор mysql_ вместо mysqli_ используют.
А пишу код на кохана, там да - все просто и понятно ))
