Файл
pdo_mysql.ini
с содержимым
extension=pdo_mysql.so
закинь в
/etc/php.d
php-fpm автоматом подключает конфиги с этой дирректории. php.ini не трогай.
Проверь, чтобы был файл
/usr/lib64/php/modules/pdo_mysql.so
Отпиши результат. Если не поможет, будем думать.
P.S> Проверь следующие файлы, может в них что-то не то вписал.
/etc/php-fpm.conf
/etc/php.ini
/etc/php-fpm.d/www.conf
