Читайте книгу Мэтта Зандстра по шаблонам и проектированию, а потом не парьтесь и берите yii2. Фреймворк относительно прост, удобен и позволяет понять шаблон MVC, который уже упоминали выше (или другой фреймворк, например Symfony, CodeIgniter и т.д.). Потом сделаете для себя что-нибудь с учетом опыта.
Если делаете для кого-то, то берите уже готовые решения(фреймворк или CMS), пожалейте людей или себя в будущем, если поддерживать будете этот код сами.