Посмотрите на BPMS (Business Process Modeling Systems, системы моделирования бизнес-процессов). Скажем, на BizAgi.
Там вы можете описать свой процесс в виде схемы в нотации BPMN, запустить его и посмотреть анимацию. Насколько я помню, всё это возможно и в базовой бесплатной версии.
Ещё альтернатива - системы имитационного моделирования бизнес-процессов (simulation modeling), например - AnyLogic. Там и 2D, и 3D симуляции рисуют. Тоже есть бесплатная версия, с недавнего времени.
