она смогла найти только файлы по известным типам
- не уверен точно, но это скорей всего и значит, что она нашла эти файлы по заголовкам (с помощью того же GREP, например). Другое дело, что много файлов могут не открыться по разным причинам:
1) файл фрагментирован, а поиск по заголовкам находит только непрерывные файлы;
2) ложное срабатывание - "заголовок" формально удовлетворяет правилу, но то что нашлось на деле не является заголовком для данного типа файлов;
3) тело файлов затерто новыми данным;
4) другие причины.
Посоветую с каждым типом файлов разбираться отдельно. Например, на картинки можно натравить какой-нибудь массовый конвертер - пережать все jpeg'и в jpeg'и с минимальным уровнем сжатия. Хорошие файлы он переварит, а плохими подавится. Может быть конвертер сможет дать им более осмысленные имена из exif'а.