На обоих микротиках выполни:
/ip firewall mangle
add chain=forward action=change-mss new-mss=1250 passthrough=yes tcp-flags=syn protocol=tcp out-interface=all-ppp
add chain=forward action=change-mss new-mss=1250 passthrough=yes tcp-flags=syn protocol=tcp in-interface=all-ppp
Если не проканает, ищи через ping свой реальный MTU внутри тоннеля (прибавляя 28), как найдеш отними от него 40 и впиши это значение в new-mss=...