Проблема может быть в десятке разных мест. В Вашем вопросе мало подробностей, начиная от того, на отсутствие какой именно лицензии ругается -- серверной или клиентской.
Возможно, действительно так и есть -- лицензии (клиентские) заканчиваются, и выдаётся сообщение. После перезапуска сервера все сеансы падают, и лицензии снова освобождаются, что логично.
Давайте больше подробностей -- сколько пользователей, сколько сеансов, какое сообщение, что написано в логе по кнопке "Подробно" после появления сообщения об отсутствии и так далее.