Я файловый вариант рассматриваю в основном только для локальной однопользовательской работы. За счёт табличной блокировки работа (активная) даже 5-ти пользователей в такой базе уже может превратиться в муку. Но надо отдать должное, в некоторых (но далеко не всех) случаях файловая работает быстрее.
А в серверных, кроме нормально-многопользовательской работы, есть и другие плюшки -- централизованное администрирование, бэкапирование, работа фоновых и регламентных заданий на стороне сервера.
Так что я за SQL.