Вам нужен софт для построения бизнес-процессов в виде блок-схем, именно он покажет затыки. Из известных есть старенький BPwin + ERwin, есть много других… Первоначально строите схему «as is», потом «to be», а далее по модели «to be» можете внедрять систему управления проектами типа Redmine, Мегаплана, Битрикса 24 и т.д.