А в чем тогда был бы смысл расширений, которые можно включать и выключать без их ведома?
Заходите вы на порносайт с блокировщиков рекламы, а он такой вам хренак! и вырубает расширение.
Или еще хуже, на какой нить зайцевнет
Можно, конечно же, при включенном расширении обмениваться информацией со страницей JS кодом. В том числе управлять его функционалом, но при условии что расширение будет "слушать".