Ну че вы паритесь, прям у вас нагрузки))) Это же вобще фигня. Вам два нужно сервера. Не мешал бы я сайты с 1С. А с точки зрения безопасности никаких запросов в 1с делать с сайта уж точно не нужно делать. По таймеру сама забирает все что ей надо.
1) Кароче, берите комп обычный, для внутренних 1Сочных офисных телодвижений i3-i7, SSD в рейд. 25тр. Полет будет на ура. Раздаете доступ своим коллегам по VPN или RDP - пофиг. Не работает комп - никто кроме вас внутри не страдает.
2)Сайты заливайте на хостинг. Иначе вы админить, судя по описанию, будете одно, а ломать другое.
Куда дешевле и надежнее.
Админить на одном сервере это очень неудобно, а уж как процессор будет при открытии 1С вашим сайтам 0% ресурсов выделять я молчу) .