Alexeytur

tabControl.TabPages[i].Enabled = false;

j >= 0

for (int i = 0, j = (diagNum == 0) ? N - 1 : N - diagNum - 1; j >= 0; ++i, --j)

Что увидел на скорый глаз:

1) В сеттере индексатора класса List2 нет собственно установки нового значения,
строки вида current.Data = value;

2) Вам нужно обменять четные и нечетные элементы, то есть имеется в виду четные/нечетные индексы в списке?
А в методе OddEven1 вы работаете с четными/нечетными значениями по индексам.
Тогда в этом методе нужно сравнения вида numbers[i] % 2 заменить на i % 2

String и char[] это разные вещи с точки зрения среды выполнения. char[] это изменяемый объект, можно по индексу изменить значение отдельного элемента. String это неизменяемый объект, операции изменения строки на самом деле создают копии оригинального объекта строки.
Поэтому, если нужно создать строку через множество операций, используют StringBuilder, чтобы не было множества выделений/освобождений памяти.

Мб не использовать регулярки, а сплитить текст на массивы: сначала по символу перевода строки, что разбить на строки, затем эти строки по символу пробела, чтобы разбить на слова, затем сравнивать.

public static bool CheckWords(string text)
{
    List<string[]> lines = new List<string[]>();
    string[] arr_lines = text.Split(new string[] { "\r\n" }, StringSplitOptions.RemoveEmptyEntries );
    foreach (string line in arr_lines)
    {
        string[] arr_words = line.Split(' ');
        lines.Add(arr_words);
    }

    for (int current_line_num = 0; current_line_num < lines.Count - 1; current_line_num++)
    {
        for (int current_word_num = 0; current_word_num < lines[current_line_num].Length; current_word_num++)
        {
            if (current_word_num < lines[current_line_num + 1].Length
                && lines[current_line_num][current_word_num] == lines[current_line_num + 1][current_word_num])
            {
                return true; // совпадение!

            }
        }
    }

    return false;
}

public static void TestTexts()
{
    string text =
        @"This sentence is pretty long and
        this sentence is also a test";
    bool res = CheckWords(text);

    string text2 =
        @"This sentence also shouldn't
        match as this has no words
        below";
    bool res2 = CheckWords(text2);
}

Читаете файл через NPOI, сравниваете и перезаписываете нужные ячейки.

C# сортирует строки лексикографически, а проводник использует Natural Sort. Вот что за минуту нагуглил по Natural Sort в C#:

public static IOrderedEnumerable<T> OrderByAlphaNumeric<T>(this IEnumerable<T> source, Func<T, string> selector)
{
    int max = source
        .SelectMany(i => Regex.Matches(selector(i), @"\d+").Cast<Match>().Select(m => (int?)m.Value.Length))
        .Max() ?? 0;

    return source.OrderBy(i => Regex.Replace(selector(i), @"\d+", m => m.Value.PadLeft(max, '0')));
}