Добрый вечер!
Комиссия все равно будет от банка, который будет процессить платежи, но она будет ниже (обычно зависит от количества транзакций и как договоришься с банком).
Но для всего этого нужно будет пройти сертификацию PCI DSS
https://ru.wikipedia.org/wiki/PCI_DSS и заплатить от 50 тыс. $ мастеркарду. И каждый год придется платить примерно такую же сумму, поэтому напрямую платежи подключают только те, у кого уже действительно больше объемы транзакций, так как им это становится выгодно.