Причина - в очень медленном механизме shared folders в Virtual Box.
Варианты:
Если host на линуксе - использовать NFS.
Если host Windows - то нужно сделать так, чтобы как минимум директории var и vendor были вынесены за пределы shared folders, а ещё лучше чтобы весь код проекта "жил" внутри линукса, а из host-машины доступ к нему получать, например, через samba.