проще всего представлять так: коммиты образуют что-то вроде связного списка (не обязательно линейного, могут быть разветвления, но это не суть важно). А ветка - указатель на коммит, т.е. на некоторый узел в этом списке. Удаляешь ветку - просто удаляешь этот указатель, при этом коммит остается.
