бывает реально разные ситуации, когда не обойтись одной сектой.
например при смене дизайна, сайта, часто остаются старые новости, статьи итд, чтобы они корректно отбражались, приходится писать специальные правила
Мне думается конечно лучше юзать просто возможности bootstrap , но в особо конских случаях проще юзать js, чем писать css
храните в куках и сесси id юзернейма и token
передавайте его с переходом на другой домен и каждый отдельный домен просто будет проверять их подлинность