1. Элементы блока вы можете вкладывать друг в друга как угодно. Не парьтесь о вложенности, БЭМ не про это. Главное, не создавайте элементы элементов.
2. Нет, совсем не обязательно. Блоком может быть например .btn - кнопка, расположенная где-то глубоко в других блоках.
3. Думаю, можно миксовать БЭМ-классы и классы фреймворков.
4. Лучше всего, на все БЭМ-блоки создавать отдельные CSS-файлы и подключать их в основной файл через import.
5. Только в крайних случаях, когда нельзя иначе. В вашем примере такой необходимости нет. Просто задайте ссылке класс .menu__link и все дела -:)