Alex XYZ

Изначально сам ElasticSearch так делать не умеет и его и не планировали делать таким. Важно понимать, что elasticsearch не база данных и не имеет таких функций по выборке, как реляционные базы. Предполагается, что вы добавите все необходимые данные для возможных вариантов запросов в сам elasticsearch. Т.е. если вы предполагали, что вам потребуется извлекать данные по соответствующему id, то эти данные и следовало добавить СРАЗУ в схему! Именно поэтому elasticsearch идёт как дополнение к базе данных, а не как её заместитель, хотя иногда и может подходить для хранилища, но не для неопределенного круга задач, как реляционные базы.
Поэтому, если вы все-таки хотите использовать связи, то только самостоятельной выборкой данных из mongo на основе id-шников, полученных из elasticsearch.

Это достаточно высокий и хороший уровень конфигурирования приложения. Из реальной жизни посмотрите на maven или grunt, у них то же самое. Особенно maven - максимум, что они можно выжать - более удобный способ отображения XML, например, в Eclipse или IDEA, чтобы было легче воспринимать структуру файла. К тому же само наличие файла конфигурации уже повышает уровень восприятия вашего приложения. Я бы не стал задумываться о "программировании" конфигурации и раскладывания его параметров по базе, т.к. такие суть именно в том, что такие конфиги и должны храниться в одном месте, а не раскидывать значения по таблицам, чтобы отдельным процессом собираться в этот файл да ещё и с ошибками, возможно.