По роду деятельности имею управляю множеством проектов.
Используем структуру Продавец — Аналитик — Менеджер проектов — Разработчики (программисты, дизайнеры, тестеры, ...)
Систему управления проектами сейчас меняем, но еще не выбрали на какую.
С внешними организациями иногда используем TeamLab, а также bitbucket
Имеем собственно написанную систему HelpDesk и ReclamationsDB