Как было сказанно выше лучше удалять стандартными методами.
Конкретно по теме могу посоветовать использовать стороннюю утилиту для деинсталяции (Uninstall Tool к прмимеру) и воспользоватся функцией "принудительное удаление", которая должна почистить остатки.
