Вообщем нашел ответ. Во первых нужно в файле tsconfig.json выставить вместо module="commonJS" => module="ESNext" (или другие типа ES2020, ES6 и т.д). И при этом нужно запускать компиляцию командой tsc -w( не указывать явно какие файлы компилировать, потому что он как будто игнорирует tsconfig). И тогда он нормально компилирует в import и export как надо.