С этой задачей отлично справляется Фотошоп. Начиная с версии CS5. При том, результат полностью автоматизированный и достигается в несколько кликов. Больше всего времени уходит на просчёт изображения самим Фотошопом.
Также, эта функция теперь доступна в новом Adobe Lightroom CC.
В Фотошопе есть команда
Auto-Align Layers…, которая выравнивает все изображения между собой. И команда
Auto-Blend Layers…, которая бесшовно смешивает фотографии. Если делать панорамы, то эти команды всегда используются вместе и в такой же последовательности.
В функции
Auto-Align Layers… есть несколько параметров слияния:

В вашем случае рекомендую выбирать Collage. Reposition можно выбрать в том случае, если уверены, что снимки очень качественно сняты (например с камеры на рельсах) и с длинным фокусом. Как вариант, ещё можно попробовать Perspective.
Самый быстрый просчёт происходит для Reposition и Collage. Чуть больше — для Persective.
В вашем случае не рекомендую использовать Cylindrical или Spherical. Во-первых, тогда, вероятнее всего, линия горизонта пойдёт по дуге (Фотошоп будет пытаться применить эффект Fish-eye). А во-вторых, такие алгоритмы требуют больше времени на просчёт и искривление изображений.
Также не рекомендую использоваться Auto, потому что он предложит скорее всего или Cylindrical, или Spherical. Но могут быть исключения.
Также, рекомендую поставить галочку Vignette Removal, чтобы убрать виньетирование по краям снимков (а то затемнения могут быть видны при склейке, особенно на небе, если оно есть в кадре).
Geometric Distortion можно не использовать, если уверены, в том, что ваши фотографии хорошо выровнены между собой в перспективе.
Функция
Auto-Blend Layers… смешивает выровненные изображения так, чтобы не было видно швов. Вам нужно выбрать опцию Panorama.

При этом алгоритм достаточно умный и учитывает контент изображения. Например, если в кадре будет человек и он окажется на границе склейки, то такой случай, когда он будет перерезан швом и будет не совпадать практически исключён.
Если фотографий очень много и они высокого разрешения, то ждать можно и больше часа.
Если из на сколько много, что трудно будет распределить их по слоям внутри одного документа, то можно использовать автоматическую команду в Adobe Bridge: меню Инструменты > Photoshop > Загрузка файлов в слои Photoshop…
