Если правильно понял вопрос, то чтобы подключить стили, я сделал следующее на Openserver, где Apache 2.4.
Внес изменения в конфигурационный файл сервера для директив
HeaderName и
IndexOptions для модуля mod_autoindex.
Стало так:
HeaderName /include/HEADER.html
IndexOptions SuppressHTMLPreamble FoldersFirst FancyIndexing HTMLTable VersionSort NameWidth=*
В HeaderName прописан файл, который подключается в верхней части страницы (положил в каталог include)
В IndexOptions добавлена только директива SuppressHTMLPreamble. Она убирает html из верхней части страницы, который там по умолчанию.
В header.html (обычный верх html файла) надо убрать все после тега body (это было в самой документации Apache), соответственно в тегах head прописать стили, которые нужны. Есть еще директива IndexHeadInsert для того же mod_autoindex, но она работает только на первой странице, что можно догадаться из названия. Можно наверно было еще поискать в документации по mod_autoindex, но я остановился на этом. Когда открываю localhost, вижу это (конечно, только когда просто перемещаюсь по каталогам):
