Я тоже сталкивался с проблемой установки Linux и Windows на одном ПК. Linux никак не мог установить загрузчик, а windows просто не видит разделов, если в системе несколько HDD. Это как-то связано с каталогами boot и uefi, в которые устанавливается "что-то там важное для загрузки" и защищено от записи.
Решение возникло как всегда само собой. Вы физически отключаете на время, установки HDD с конкурентной ОСбю, а после установки Linux переконфигурируете загрузчик.