Удобно использовать less и Sass версиия, подключаете нужные Вам стили. Элементы не обязанны лежать в container - но это весьма удобный класс, который позволяет центрировать сайт + длеается отступы в 15px от левого и правого края при адаптивности (Хотя можно и лучше их уменьшать до 10px - в зависимости от дизайна). А если дизайн не использует сетки и UI BS3 то зачем тогда его вообще подключать ? Не проще Вам будет с медиа организовать самому свою сетку. Или воспользоваться генераторами сеток.
