Есть два стандартных способа:
1. VPN. Тут речь идет скорее не про два, а про несколько клиентов, которые доверяют друг-другу через сервер VPN (ну, на тот случай, если "два" просто некоторая условность).
2. Если все-таки "два" это два, то стандартных и наиболее безопасный способ - это SSL и обмен ключами между устройствами. Погугли как это реализовано у Matrix, там оба способа реализованы (хотя первый не VPN, но механизм аутентификации похож в чем то).
