Для первоначальной версии парсера был изначально взят неправильный алгоритм, поэтому проблемы там пока что есть, и решить их трудно. Сейчас отлаживаем другой вариант и скоро его выложим, многие проблемы решатся автоматически.

Писать по поводу проблем с плагинами надо сюда: youtrack.jetbrains.com/issues/SCL