Albirlak

Проблема решена.

Как всегда виновата невнимательность, и желание "все и сразу".

Для того, чтобы подключить к node сертификат от Cloudflare нужно выполнить следующие действия:

1) Сгенерировать TLS сертификат от Cloudflare. Для этого переходим в панель управления доменом, далее Crypto и там находим пункт Origin Certificates

2) Создать TLS сертификат, выбрав следующие параметры:

(Срок можно выбрать другой)
3) Теперь на сервере создать папку где будут лежать наши сертификаты и создать в ней файлы:
your-domain.ltd.pem и your-domain.ltd.key
Где your-domain.ltd - ваш домен.
4) В your-domain.ltd.pem вставить первый ключ

5) В your-domain.ltd.key вставить второй ключ

6) Далее на сервере подключить их:

var app = require('express')();

var options = {
    key: fs.readFileSync('ssl/your-domain.ltd.key'), // PRIVATE KEY
    cert: fs.readFileSync('ssl/your-domain.ltd.pem') // CERTIFICATE
};

var http = require('https').createServer(options,app);

Далее, нужно чтобы сервер работал на SSL порте, который использует Cloudflare (ссылка)



Вот и все, теперь можно запустить node.js сервер и перейти по адресу your-domain.ltd:port

И мы успешно попадем на сервер.

Надеюсь это кому-нибудь поможет.