Есть ли простой фреймворк для личного кабинета?

Наш сервис никак не связан с веб, это централизованное приложение с хранением настроек пользователей в MySQL.

Как реализовать защиту от проксификации трафика приложения?

Ну мне по крайней мере определять факт проксификации трафика. Шифрование присутствует, но это не мешает отправлять один и тот же пакет повторно, а это временами проблема.

Замена класса при запуске JVM

Исходя из опыта, порядок расположения в classpath не гарантирует приоритет загрузки классов, к сожалению.