Flask обычно используют для простых задач, где необходимо быстро создать/развернуть веб приложение. Без сложной архитектуры и бизнес логики. Например, сервис вопросов и ответов как на мейл.ру. Хотя вот по ссылке можно доказать обратное
https://stackshare.io/flask
Для создания интернет магазина скорее всего возьмут Django, так как там уже из коробки есть как минимум админка, которая необходима для ИМ. А также есть уже готовые решения для е-комерса
https://djangopackages.org/grids/g/ecommerce/ 