ИМХО с форматами это не самая большая проблема, при желании можно конвертировать все из всего. Другой вопрос зачем нужна книжка. Если для чтения литературы, то это одно, если для техдокументации, то другое. Исходя из этого выбирать диагональ. У меня 4-й киндл, умудряюсь на нем читать и техдокументацию, но это часто достаточно неудобно, ибо часто приходится скролить туда-сюда чтобы увидеть и код и его описание. Также на 6" не очень комфортно читать нераспознанные pdf-ы, они туго масштабируются. С другой стороны 6" удобно держать и таскать с собой, чтобы читать где-то в дороге. Для себя решил нужны 2 читалки: 6" для чтения обычной литературы и 9,7" для документации.
Потому определитесь с форматом и назначением, а дальше уже подбирать производителя.