Я не знаю как это сделать в MySQL однако решала такую задачу в sql server . Так вот идея такая - добавляется дополнительное поле в запрос в котором вычисляется функция уникального номера, а в ордере указывается это поле, несмотря на ваши условия выборки. Далее выставите top 10000. Вот и все. Правда не знаю насколько он быстро выполниться, хотя думаю 10000 строк это не много для запроса в SQL Server...
Пример
SELECT TOP 10000 [StudentKID]
,[SKPersRecN]
,[SKSurname]
,[SKName]
,[SKSecondName]
,[FacultyID], NewId() as t
FROM [StudentsKredit]
where FacultyID='ИУБ'
order by t