Задал этот вопрос на stackiverflow
stackoverflow.com/questions/38253000/is-it-necessa...
Также напишу ответ здесь: процесс создания, линковки и компиляции программы долгий процесс, так что делать такое каждый фрейм будет очень затратным действием. Так что для каждого меша должна быть своя программа или есть шейдеры не различаются, то возможно использовать одну программу(Последнее предложение мои дополнения).
