Заливаете старый не переведенный вариант, коммитите. Отсюда делаете 2 ветки (translate, source) — в первую помещаете старый перевод (translate), комититесь. Во вторую новый не переведнный файл (source) и мержите. Конфликты скорее всего будут.
Для ручного сравнения:
Любая IDE в принципе может сравнивать. Вообще попробуйте meld, очень удобная утилита для сравнения. А в гите храните всегда последнюю версию перевода и оригинала.
Для автоматического сравнения:
Почитайте про консольный diff. Лично я бы для подобной задачи написал скрипт, используя diff и grep. На выходе бы получал новые строки, которых еще не было.