обычно конфиги пользователей лежат в хомяках пользователей
типа /home/user/.program/config.json или что-то подобное.
В винде так же.
Определить пользователя, от имени которого запущен бинарник - задачка для детского сада.
Во-первых из переменных окружения, во-вторых для современных многопользовательских систем это классика.
