Aetae

Ты можешь воспользоваться yarn resolutions для перезаписи зависимостей. Однако следует помнить, что разные мажорные версии (2 и 3 соответственно) могут иметь ломающие различия в api.

Не изменил версию, потому что tar "6.0.2", а не tar "^6.0.2".
А в целом - забейте болт.
1. Большинство уязвимостей находятся в либах, использующихся вами локально для сборки, а сами себя вы ломать будете.
2. Vue исполняется на клиенте и всё эти уязвимости в любом случае не имеют никакого значения, даже если окажутся в рабочем коде.

Внимательней к этому стоит присмотреться только когда начнёте писать сервер на node.js.

P.S. Если очень хочется - можно воспользоваться yarn resolutions и захардпатчить версии зависимостей. Но никто тогда вам не гарантирует корректную работу.

Винда не считает ' кавычками и кидает их как часть параметра.
Экранировать чтоб оно работало на всех ОС - не так просто, а результат - уродлив, так что рекомендуется просто указать параметры для перезаписи под ключом ts-node в tsconfig.json:

{
  "ts-node": {
    "compilerOptions": {
      "module": "CommonJS"
    }
  },
  ...
}

Напиши свой плагин, там ничего сложного:

class RandomPlugin {
  apply(compiler) {
    compiler.hooks.emit.tapAsync(this.constructor.name, (compilation, callback) => {
      const chunkList = [];
      for (const chunk of compilation.chunks) {
        // тут какая-нить фильтрация
        chunkList.push(...chunk.files);
      }
      // тут запись в файл или ещё что
      console.log(chunkList);
      callback();
    });
  }
}

Кинь в корень проекта файлик .browserslistrc примерно следующего содержания:

> 1%
last 2 versions
ie11

А в настройки'@babel/preset-env' добавь:
useBuiltIns: 'usage'

Дальше babel будет сам подключать нужные полифилы для заявленных браузеров. Если он конечно в принципе правильно подключён и работает.

Конкретно по зоопарку либ у тебя - нет так быть не должно, но бывает. Если работает - можешь в принципе забить, однако если есть время - лучше начать чистый проект со свежего стартового пресета и перенести в него код.