Aetae

publicPath

Лично мне нравится фича __webpack_public_path__: с установкой динамически из document.currentScript можно вообще не париться где что будет лежать.
Но если адреса меняться не будут, то статический publicPath конечно надёжнее.

P.S. На всякий случай: если на одной странице используется несколько webpack-бандлов, следует не забыть установить каждому уникальную jsonpFunction иначе могут быть коллизии.

> vue init webpack 'name'
Нет там такого. Это просто синтаксис команд от vue-cli 2.x, последнее обновление которой было 2 года назад. Сейчас есть только vue create.

В целом же: webpack - универсальная система сборки приложения, vue-cli(-<some>) - набор тулз для работы конкретно c vue, внутри использующий в том числе webpack со множеством преднастроек и плагинов.

vue-cli-service build --mode development

Ну и:

configureWebpack: {
    devtool: 'source-map'
}

Если нужда адекватная - дописываете код, делаете PR автору и в следующей версии наслаждетесь.
Если нужда особая своя - делаете форк и либо публикуете в npm(никаких ограничений на это нет) в своём неймспейсе, либо просто кладёте в проект и линкуете свою локальную версию через link:./path или file:./path.

Монки-патчить какой-то один конкретный файл - не вариант(хотя технически возможны любые костыли - вебпак свободно расширяется плагинами), потому что в следующей версии либы автор может полностью перекроить внутреннюю структуру и у вас всё сломается.