Достаточно хороший способ - установить Visual Studio Data Tools, создать отдельный DataBase project для каждой БД, автоматически сгенерировать в проекте DDL SQL каждой бд, и добавить ваши файлы в папку Scripts соответствующего проекта. Все будет храниться в одном месте и иметь удобный инструментарий для правки SQL кода. И напоследок весь солюшен следует сохранить в системе контроля версий(SVN, Git, Mercurial и тд.).