Михаил Шибанов

Сначала добавьте в код функцию:

def resource_path(relative):

    if hasattr(sys, '_MEIPASS'):
        return os.path.join(sys._MEIPASS, relative)
    else:
        return os.path.join(os.path.abspath("."), relative)

а потом обращайтесь к ресурсам примерно так:

self.setWindowIcon(QtGui.QIcon(resource_path('runcubit_gui.ico')))
self.tray_icon.setIcon(QtGui.QIcon(resource_path('runcubit_gui.ico')))

Это будет работать и при прямом вызове питоновского скрипта, и после PyInstaller'а.